تتمثل المهمة الأساسية للاتحاد في تقوية وتعزيز دور وأداء الغرف الفلسطينية على التعامل مع متطلبات المرحلة الجديدة ، وما يعنيه ذلك من وجود رؤيا واضحة وتخطيط متبصر وإعادة تنظيم وهيكلة للغرف الفلسطينية. ويلعب الاتحاد دورا هاما في هذه العملية بهدف تعزيز دور القطاع الخاص ورسم سياساته واستراتيجياته إلى جانب خلق الروابط الاقتصادية محليا وعالميا بغية بناء اقتصاد وطني فلسطيني يقوده قطاع خاص قادر على التعامل مع متطلبات العولمة وسياسة الأسواق المفتوحة من حيث القدرة على المنافسة, ويعد ذلك الطريق الأمثل إن لم يكن الوحيد للبقاء في السوق وتحقيق النمو الاقتصادي المنشود . يقوم الاتحاد بعملية التنسيق والتوجيه للغرف الفلسطينية كافة وعلى كافة المستويات (الوطني، العربي، الإسلامي، الإقليمي والدولي) حيث يشكل حلقة الوصل ما بين القطاع الخاص والسلطة الوطنية الفلسطينية (القطاع العام) وعلى هذا الأساس فإن الاتحاد يعكس نظرية واعتقاد القطاع الخاص للبلد ويعمل على تعزيز التطور الاقتصادي في هذا القطاع، في الوقت نفسه يحافظ الاتحاد على علاقات وثيقة واتصال دائم مع السلطة الوطنية الفلسطينية ممثلة بالوزارات والمؤسسات ذات العلاقة وعلى رأسها وزارة الاقتصاد الوطني الفلسطينية. أما على مستوى الغرف الأعضاء فيعمل الاتحاد على تطوير أداء وقدرة الغرف الفلسطينية كل على حدة لتعزيز تمثيلها لمجتمع الأعمال والارتقاء بالخدمات المقدمة لأعضائها على نحو أفضل وذلك من خلال المساعدة في إعادة بناء وهيكلة الغرف القائمة لتمكينها من التأقلم مع احتياجات الأعضاء ومتطلبات المرحلة الجديدة وهي مهمة ضخمة وهائلة تتطلب بعد النظر والتخطيط وإعادة التنظيم والبناء من أجل العودة إلى المسار الصحيح الذي عمل الاحتلال على تشويهه حيث يشكل الاتحاد المظلة الرئيسية للغرف التجارية الصناعية والزراعية الفلسطينية الموزعة على كافة محافظات الوطن .